Více je problém popsán zde: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=804021&page=5
Já se problém vyřešil jednou úpravou, editoval jsem soubor my.cnf:
nano /etc/mysql/my.cnf
Stačí úprava řádku:
bind-address = 127.0.0.1
a stačí přepsal na Statickou IP, nebo přidělenou IP DHCP:
bind-address = 192.168.1.99
Dále stačí restartovat MySQL Server a změnit heslo:
/etc/init.d/mysql restart
mysql -u root -p